Опасная жизнь в мадагаскарских лесах не пришлась по вкусу бывшим обитателям зоопарка льву Алексу, жирафу Мелману, а также зебре Марти и бегемотихе Глории. Они решают покинуть остров Мадагаскар, на который попали в первой части мультфильма. Однако очередная случайность заносит друзей в Африку. На этом жарком континенте Алекс встречает свою родную семью, с которой его разлучили браконьеры ещё в детстве. Вскоре он понимает, что у него очень мало общего со своими родными...